Merry Madagascar começa quando o Papai Noel e seu trenó inesperadamente caem na ilha, o que o deixa com amnésia. Portanto, cabe a Alex, Marty, Melman e Glória a entrega dos presentes para salvar o Natal. Merry Madagascar é o primeiro especial de Natal transmitido pela NBC no ano de 2009. Nele temos de volta os personagens do filme Madagascar e a história se passa entre o primeiro e segundo filmes.
James Brennan acaba de se formar na faculdade e está se preparando para tomar cerveja alemã, visitar famosos museus ou flertar com charmosas francesinhas nas suas tão sonhadas férias pela Europa. Mas, seus pais lhe reservam uma desagradável surpresa e, ao invés de arrumar as malas, ele terá que arrumar um emprego, e rápido! E assim, entre tantas tentativas em descolar um trabalho, ele se prepara para passar as férias de verão dando duro num parque de divresão, ao lado de crianças barulhentas e pais não menos briguentos. Mas, como a vida traz muitas surpresas, sua bela colega de trabalho começa a lhe dar bola e ele percebe que nem tudo está perdido.
Em questão de minutos estranhas mortes ocorrem em várias das principais cidades dos Estados Unidos. Elas coincidem em dois pontos: desafiam a razão e chocam pelo inusitado com que ocorrem. Sem saber o que está ocorrendo, o professor Elliot Moore (Mark Wahlberg) apenas quer encontrar um meio de escapar do misterioso fenômeno. Apesar dele e sua esposa Alma (Zooey Deschanel) estarem em plena crise conjugal, os dois decidem partir para as fazendas da Pensilvania juntamente com Julian (John Leguizamo), um professor amigo de Elliot, e Jess (Ashlyn Sanchez), a filha dele de 8 anos. Lá eles acreditam que estarão a salvo, o que logo se mostra um equívoco.